1、大师邻居有个老婆婆，每日念佛数千，大师问她为什么，她回答说：“我死去的丈夫持佛名号，临终无病，与人拱手作揖就走了，故而知道念佛功德不可思议。”大师听后，从此归心于净土，自书“生死事大”四个字，贴在案角床头。且家中戒杀生，祭祀祖先都用素食。
2、明朝嘉庆乙丑年除夕那天，大师让汤氏沏茶，茶杯刚放进茶盘里就裂开了。大师笑着说：“因缘没有不散的道理。”初三早上，大师和汤氏诀别，说：“恩爱无常，生死谁也替不得谁。我走啦，你自己决定自己的事吧。”汤氏回答说：“夫君先走，我随后出家。”
3、隆庆辛未年间，大师乞食梵村，见云栖这个地方山水幽寂，产生了终老于此的志愿。此山本是已故高僧伏虎禅师所居寺庙遗址。居士杨国柱、陈玉如等，为大师建造茅屋三间以避风雨。云栖一带多有老虎为患。环山40里内，每年都要伤害数十人，居民苦不堪言。大师发大悲心，诵经施食，虎患经从此绝迹。
4、有一年大旱，村民乞求大师祷雨。大师笑着说：“我只知念佛，没有什么法术。”众人坚请不已，大师不得已出山，手击木鱼，绕农田念佛。足迹所至之处，大雨随注。村民惊喜万分，争相出资、出工、出木材，为大师造屋。在下地基时，挖出了原来寺庙的立柱基石。大家说：“这是旧云栖寺的。大师福佑我们全村，我们愿使云栖寺焕然一新，让福佑代代相传。”新的寺院不几天就建成了，只是外边没有山门，中间没有大殿，惟有禅堂里住着和尚，法堂上供奉这经像而已，所有一切建筑，都不过是遮风避雨罢了。从此以后，净土法门大兴于世，四海之内的出家人日来归附。大师广开净土一门，普摄上中下三根众生，极力主张执持名号，手著《弥陀疏钞》10余万言融会事理，指归唯心。
5、万历戊子年间，瘟疫流行，每日病死的超过千人。太守余良枢请大师赴灵芝寺祈祷，瘟疫果然顿止。
6、大师极意禁戒杀生，推崇放生。大师曾赎买寺前万工池作为放生池，并在他80诞辰之际，又增广扩大。在府城中设立上方、长寿两个放生池，每年需指出银钱100余金。在山中设立放生所，专门救赎、放养飞禽走兽，费用全从僧人口中节减，每年约需200石粮食。各放生池所，都设有专门守卫，并定期宣示佛法。即使那些喜欢鸣叫的鸟类，闻木鱼声声，也都鸦雀无声，寂然而听。等到宣示结束，便一齐鼓动翅膀、上下喧鸣，这岂不是生物的佛性吗？是啊！
7、大师道风传播日广，海内贤人豪士，无论在朝在野，无不归心感化。如兵部尚书宋应昌，吏部尚书陆光祖，内宫宣谕张元忭。再如司成冯梦祯、陶望全等，上门请法的，超过百人。他们都是专程前来探求人生大事，闻法之后，无不心服口服，成为大师的入门弟子。
侍郎左宗问：“念佛能大彻大悟吗？”大师说：“返闻自性，性成无上道，又何疑返念念自性耶？”
仁和县令樊良枢问：“心乱妄想多，如何能得到清净？”大师说：“置之一处（心住一境），无事不办。”
8、大师生平特别珍惜福报，曾手著32条警语以自勉。到垂老之年，仍然自己洗衣服，倒尿盆，不愿意让别人代劳。终身布衣素服一顶麻布帏帐，本是母亲去世那年做的，直至他自己往生时还在使用，其他的东西可以类推而知。
9、临终前半个月，大师预先入城，告别各位故友即在家弟子，但只是说：“我要去别的地方了。”回山之后，连续几日下斋堂，亲自操作茶汤设供，并与众僧话别：“我不在这儿住了，要去别处。”7月初一晚上，大师进入大堂坐下，嘱咐大众说：“我的话大家可能不爱听，我就像风中的灯烛，油尽灯干了，只等一撞一跌，才相信是真的。明天我要出远门了。”第二天夜里，大师在方丈室，示现轻微疾病，闭目念佛。城中诸位弟子赶到，围绕着大师。大师留下遗言说：“大家要老实念佛，不要装模作样，不得标新立异，坏我规矩！”
大师的著述《云栖法汇》一书，真是度世的宝船、法门的柱石。其中经典注疏及《竹窗随笔》等20多种著作，都风行于天下。大师平日教诫弟子：贵真实修行，勿显示神异。所以大师的许多神奇的故事，未曾记载流传。
