初入药师佛法门，如同盖房打地基。地基就如同一个人的根器，如果他的业很重，应先消业障，持三个字或五个字的短咒，咒语很短，易持，就不会起退道心，这样把业消一消，心定下来，才有办法把经读下去。初学佛的人，如果马上要他持诵很长的经典，他或许就没有这样的耐心，你要度他，一定先要让他知道佛法的好处，只要持一个短短的咒语，马上止痛，让他感受到佛法的妙用，有了基础后，再下重药，这时才给他持一经、一咒、一佛号，直入药师法门。
以药师法门来说，经是药师琉璃光如来本愿功德经，咒就是药师经中的大咒、中咒和小咒。佛号就是持念“南无药师琉璃光如来”圣号，百遍、千遍乃至万遍。
经如同中药，经典里的开示如同中药成分，知道中药很好，但是需要时间去炖、炖好服用，慢慢调养，有一天身体就会好起来。咒语是翻音不翻义，但咒就像特效药，可以达到快速消除痛苦的效果。延伸的说，经就像一条大路，咒语就是路旁的指示牌，不同的经，不同的路，不同的咒语，不同的指示方向。
如果一个人在贫病中，各方面条件不俱足，你要给他持咒，先达到止痛的效果，等到他不痛了，才有办法持诵经典。如果是一般人，亦可以从经入门，知道路怎么走，再持咒，那就是所谓的中药和特效药。所以要分两个阶段来说。
咒语因人而异，视个人的根器而定，但不论是什么咒语，只要是佛菩萨的咒语，都是真实语。但各别佛菩萨发的愿力不一样，如同一间医院里有不同的专科医生。同样的，不同的咒语有不同的功能。如同不同的专科功能。例如脾气不好的人，忍辱不够，相对的，在人、事、物处理方面有所缺乏，这时你要给他一个开启智慧的咒语，固执不易相处的人，你要给他持心经、金刚咒乃至观自在菩萨的咒语等。
大咒又称大解结咒，（十二药叉大将名就是大解结咒）。
中咒是药师灌顶真言。
小咒是咒心：鞞杀逝、鞞杀逝、鞞杀社、三没揭帝、娑哈。
如果身、口、意都非常忙碌的人，不要持太长的大咒，大咒可能会念不下去，可先持药师灌顶真言。如果学佛的时间比较久，有基本禅定功夫，大咒、中咒或小咒都没有问题。
都是一样的，分别是大咒、中咒比较长，念的次数减少，小咒比较短，次数要多。长咒和短咒的分别是长咒比较不容易专心，如果没有基本功夫，或有散漫心，也许念到一半，又起杂乱心，这时可以先念短咒，能够专注后再念长咒。
可以，但是这是属于和药师佛结缘方式在念，以妄想心、散乱心、烦恼心下持咒，像看电视、听音乐、谈话时持咒有如稻米，空有壳没有米。但有结缘上的功德。
两者有差别。一心不乱中持咒，即使仅有十分钟有时比一整天持咒的总和还要来的殊胜。不管是散乱心还是一心不乱的念佛持咒都是要念，因为这样可以培养在在处处都会想到念佛持咒的习惯，那么在我们临终时不管任何吵杂的环境，仍然可以一心不乱念佛求往生。
在浴室，厕所时不可出声念，可默念。夫妻同房时勿念。
持之以恒，持咒当下，一天固定地念，要至诚地持诵。
可念“南无药师琉璃光如来”三次。
念大咒“宫毗罗、伐折罗、迷企罗、安底罗、额儞罗、珊底罗、因达罗、波夷罗、摩虎罗、真达罗、招杜罗、毗羯罗，娑哈（soha）。”
（读音：宫毗罗大将 gong pi luo伐折罗大将
若有病苦者应多加持念“唵、室哩哆、室哩哆、军刹利、娑哈（soha）”。
或者持念“唵、虎噜虎噜、战奴里、摩登奇、娑哈（soha）”。
也可再持念药师佛心咒“唵、鞞杀逝、鞞杀逝、鞞杀社、三没揭帝娑哈（soha）”。
念毕回向：持咒功德回向（某人）冤亲债主、离苦得乐、解冤释结，又愿（某人求某愿）（1次）
每种咒语每日至少持念108遍，长期受持，可消灾解厄，所愿从心。假使能在持咒前先读诵南无药师琉璃光如来本愿功德经一遍，更是理想，你如果可以这样子持之以恒，长期受持，那么你一生所遇到的障碍将是相对的减少，所到之处长逢善缘。
每天早上和临睡前，置一杯水于药师佛像前，或在杯前放一张药师佛相，至诚心的持诵七遍药师灌顶真言，再持药师咒心：唵、鞞杀逝、鞞杀逝、鞞杀社、三没揭帝娑哈（soha）108遍。可配合观想，观想药师佛光从顶门而入，遍满全身，汗水由手而出，发出黑色的汗水为止，亦可观想药师佛手上的佛果，祈求药师佛慈悲施药，药师咒水既完成。
每天早晚持药师咒水口服，祈求南无药师琉璃光如来加被，冤亲债主离苦得乐，疾病远离。（药师佛在在处处，如无佛像可一心一意念佛祈求药师佛加被。）
什么叫「冤」；什么叫「亲」？你的「亲」处理不好就变成「冤」，所以称为「冤亲债主」。今天爱你，明天恨你，在你身边的，有「亲」也有「冤」，有贵人帮助你，当你遇到困境的时候「冤」也会找你的麻烦。
要回向给他们。帮助我们的，要感谢他，对我们不好的，也要感恩他，在我们修行的过程中，要常发愿祈求冤亲平等。
但首先他要有忏悔的心，药师佛是非常慈悲的，即使他没有忏悔的心，如果他有布施的心，药师佛还是会给他机会，在具备佈施心中求富饶，求来的财富一定要拿出若干佈施救济贫困，这就是以福培福再造福。如果没有如此的慈悲喜捨，即使延壽三年、五年还是要走，财来也会财去。
以佛教的角度，这是业力的牵引，什么是业力，简单的说，行为造作所产生的结果，比如一个人脾气很坏，就会导致他有心脏病、高血压、乃至血液循环不好，延续到骨头酸痛，这就是因果，也叫做业力。所以奉劝大家脾气不要太坏。
修持药师法门，除了经咒以外，最好还要加上点灯、放生和佈施三种善行。
点灯就如同暗室之中，一灯即明。在佛教中点灯供佛有很大的功德，以此功德回向如同在黑暗中一盏明灯在指引前进，走向光明大道。
除此以外，还要配合放生，放生的意义就是解脱其他生物的寿命，免除灾难，使其延寿。
提到放生，这里要强调放生要得宜，咸水鱼不要放到淡水处及不固定地点购买，以免商家大量采购，而失去放生的意义。
至于佈施，就是尽所能――尽你的能力佈施，因为有捨才有得，福从佈施中来，尽所能的修福，有福就会有寿。
可点一灯、七灯、二十一灯、三十五灯、四十九灯乃至一百零八盏药师延壽灯。
最少七天，最多四十九天。如果需要可以长期在佛堂供一盏药师平安灯。
把诵经持咒的功课做完，一天结束，就可以做回向，为什么要做回向，诵经持咒功德，就如同户口累积储蓄，回向就如同该还的还给人家，要做佈施的佈施出去。
药师经云：燃灯、造旙、放生、修福令度苦厄不遭众难。南无药师琉璃光如来本愿功德经，亦名说十二神将饶益有情结愿神咒，亦名拔除一切业障。十二药叉大将在听闻佛陀宣说药师经时，曾发愿若有人流佈此经或复受持药师琉璃光名号恭敬供养者，十二药叉各有七千眷属皆同卫护是人皆使解脱一切苦难。因此要避免九种横死可持十二药叉大将名号的大解结咒，（十二药叉大将去除大将称谓就是大解结咒）。大解结咒有此护法威力，平时多加持念，可免九种横死。
如果你已经苦了几十年，现在有一种这么好的方法，只要每天持之以恒，勤念一百零八遍起，每天累积，至二十一万、三十五万、一百零八万乃至五百万遍，那么你的前景是美丽的。为什么不去实行呢？
也许你目前没有碰到困境，但人生路并非都是平坦的，平时也要多加持念、回向。
南无药师会上佛菩萨
南无善名称吉祥王如来
南无宝月智严光音自在王如来
南无无忧最胜吉祥如来
南无法海胜慧游戏神通如来
南无药师琉璃光如来
南无日光遍照菩萨
南无月光遍照菩萨
奉请：
宮毗羅大將 跋折羅大將
迷佉羅大將 安捺羅大將
安怛羅大將 摩涅羅大將
因陀羅大將 波异羅大將
摩呼羅大將 真達羅大將
招度羅大將 鼻羯羅大將
