莲池大师曾娶妇张氏，生一子，但不幸早死，张氏不久也去世。嘉靖乙丑年除夕，继配汤氏捧来一碗茶汤放在桌上，不料，茶碗却忽然破裂。大师笑着说：因缘果然如此，没有不散的道理啊。
第二年，他就辞别汤氏：世间的恩爱都是无常的，生死也没有人可以替代，我走了，你自己做打算吧。面对此情此景，汤氏却很洒脱。
她对丈夫说：你先走吧，我随后也要走了。（这位女中豪杰也在之后落发，并建了一座孝义庵修行，法名祩锦，亦为女丛林主。比莲池大师先一年而化，建塔在云栖寺右山）
于是，大师作《七笔勾》词，其中有一首说：凤侣鸾俦，恩爱牵缠何日休？活鬼乔相守，缘尽还分首。嗏！为你两绸缪，披枷带杻。觑破冤家，各自寻门走。因此把鱼水夫妻一笔勾。
离家后，大师很快到杭州西山性天和尚处剃度，又到昭庆寺无尘玉律师座下受戒。万历四十三年七月二日，傍晚，杭州云栖寺丈室内。八十一岁高龄的莲池大师面西而卧，即将入灭。
早在半月前，大师即已预知时至。当时，杭城内处处都有大师的弟子，他便前往城中，遍告弟子们说：我要到其他地方去了。弟子们面面相觑，惘然莫测，并不知道大师要去哪里。
此时，一抹斜晖从窗户透射进来，正好笼罩在短榻上的莲池大师身上，如阿弥陀佛金色的手臂般轻轻抚慰。大师神态安详，仅口唇微动，似乎在默念着佛号。
周围或跪或站诸多僧俗弟子，对于这样一位如父母般值得依靠的善知识，他们内心充满深深的哀痛和不舍之情。因而，个个面色凝重。
不久，门外脚步杂沓，最后一批弟子加入进来，人数的骤然增加，让本就不大的房间，显得更加水泄不通。室内的众人全都屏息凝气，恭敬肃立，似乎等待一件极为重要的事情发生。
看看人到得差不多了，排首的一位弟子上前问讯后胡跪合掌，开口请求道：和尚，惟愿慈悲，哀悯我等，久住世间！旁边围绕着的弟子一起跪下，恳切和道：和尚，惟愿慈悲，哀悯我等，久住世间！
但短榻之上，瞑目似睡的老和尚并无丝毫反应。众人心中明白，老和尚去意已决，不会再长久住世了。只好再次恳求：和尚既已决定西去，恳请作出最后垂示。
这时，老和尚才缓缓睁开眼睛，作势欲起。身旁的弟子立即帮忙，将老和尚扶正。跪在下首的众多弟子们，这时听到头顶上方传来慈悲又严厉的声音：大家要老实念佛，不要装模作样，不得标新立异，坏我规矩！
开示完，大师不再说话，只是瞑目念佛而已。几声急促的佛号过后，老人的气息逐渐变得微弱，慢慢消失。众人慌忙抬首，短榻上的老人已玉筋双垂，瞑目而逝了。
一时间，屋内屋外所有人大放悲声，有捶胸顿足者，有不住叩头者，有沉默不语者，也有不断助念佛号者。这种令人痛心疾首的场面，大概只有在失去至亲的时候才会出现。莲池大师自在往生西方后，弟子们遵照大师的遗愿，将其葬于云栖寺左岭之下。
纵观他老人家的一生，正如憨山大师所赞誉：才，足以经世；悟，足以传心；教，足以契机；戒，足以护法；操，足以励世；规，足以救弊。阐扬净土宗风，更是不遗余力，影响至为深远。因此，被后世弟子推尊为净土宗第八代祖师。
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