疾病以形成脉及习气的形式，潜伏驻留于阿赖耶识中。疾病的发生是由于无明和我执所累积的有害业力。疾病会现前，则是由于烦恼、概念思维、风息(气)、或是神祗鬼魔等等影响。疾病成熟的果即是四百零四种病，这些病以热、寒、痰、痛和肿为首。简言之，俱生无明的疾病是主要的“因”，而遍计无明(概念性无明)的疾病则是主要的“缘”。
所有的疾病都具备五种元素：潜在的基础、有害业力为主因、烦恼为助缘、概念思维为连接链、风息(气)为最后装配工、神魔为辅助要素。
举例来说，如果出现了寒病，此病是由于潜存在阿赖耶识的贪欲习气所成，然后被强烈欲望之缘启动而出现：连接链则是概念思维：“我病了!我是残废!如果情况更糟的话，该怎么办呢?”这会使得下行气的功能失调，让你暴露于阴魔邪恶力的攻击。
同样的，愤怒的种子为因，被连结着概念思维的盛怒之缘所启动，这使得随火的风息的功能失调，让你暴露于阳魔邪恶力的攻击，引生热病。
愚痴的种子为因被强烈愚痴之缘所启动，又与概念思维的环链连结上，这使得“等住气”功能失调，让你易于被邪恶的“地灵”所攻击，引发粘液疾病。
嫉妒的种子为因，被强烈妒忌为缘所启动，又与概念性思维的环链连结上，这使得“上行气”功能失调，让你易于被妖精妖怪的邪恶影响力所攻击，引生疼痛的疾病。
傲慢的种子为因，被强烈自负之缘所启动，又与概念性思维的环链连结上，这使得“遍行气”的功能失调，让你易于被非人鬼类的邪恶影响力所攻击，引生肿胀的疾病。
由于疾病的成因是无明，因此你必须要认出俱生智，才能治疗这些疾病;由于疾病生成的助缘是烦恼，因此你必须要让注意力安顿在平稳安定的状态中;由于连接者是概念化思维，因此你必须彻断念想的束缚;由于结果的汇集者是风息(气)，因此你必须专注在气的心要上;由于后援者是神魔，所以你必须要彻断神魔有所存在的念头。如此，你将能远离所有的疾病。
关于疾病本身的治疗，有三项要点：最好是能够让疾病自行解脱;次好的是舍弃驱邪除魔或禅修的参照点;最后则是透过观想来治疗疾病。
身病有三：一宿业;二内伤;三外感。
此三种病，唯宿业难治。倘能竭诚尽敬，发自利利他之大菩提心，念南无阿弥陀佛，及念南无观世音菩萨圣号，超度宿世所害之怨家对头，彼若离苦得乐，病者即可业消病愈。不但不复为祟，反感超度之恩，而阴为护佑。凡瘿此病，及医此病者，均不可不知此义。
二内伤，或用心过度，或于酒、色、财、气，各有嗜好。若能敦伦尽分，闲邪存诚，诸恶莫作，众善奉行，兼用药治，必易痊愈。倘不注意于根本，唯仗医药，亦难见效。纵效，亦不能永不复发。
三外感，但能依前内伤所说之法而行，纵有外受风寒署湿之患，亦极易治。若不注意于惩忿窒欲，闲邪存诚，即外感亦不易治。以根本受伤，徒治枝末，殊难得益。
病有能医者，有医不能医者。能医者，外感内伤之病也。若怨业病，神仙亦不能医。念佛，便能令宿世怨家，仗佛慈力，超生善道，故怨解而病即痊愈矣。外感内伤，念佛亦最有益，非独怨业病有益也。
凡人有病，可以药治者，亦不必决不用药。不可以药治者，虽仙丹亦无用处，况世间药乎?无论能治不能治之病，皆宜服阿伽陀药。此药绝不误人，服则或身或心，必即见效。(注：阿伽陀，意为长生不死、无病、健康、无价等，后转作药物名称，尤指解毒类之药。此处指念佛。弘一大师说：一句弥陀，阿伽陀药，舍此不服，是谓大错。)
病人一心念佛待死，寿若未尽，则当速愈。寿若已尽，则决定往生。纵念佛，以求好之妄念过重，反致与佛不相应矣，决难速愈。
—印光大师《学医发隐》等文
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